V roku 1785 Mozart vstúpil do viedenskej slobodomurárskej lóže Dobročinnosť. Medzi rokmi 1786 a 1790 vznikli Mozartove najslávnejšie opery Don Giovanni a Figarova svadba, ktorá bola zhudobnením politicky kontroverznej komédie francúzskeho dramatika Beaumarchaisa. Autorom libriet bol Talian Lorenzo da Ponte. Obidve opery boli s veľkým úspechom uvedené v Prahe v Stavovskom divadle, kde bol Mozart osobne prítomný a znížilo to jeho finančné problémy. Po návrate z Prahy bol Mozart prijatý do služby pri dvore, čo mu opäť zvýšilo príjmy, ale napriek tomu mal finančné ťažkosti, ktoré musel prekonávať pôžičkami. V roku 1789 podnikol trojmesačné turné po severnom Nemecku, ktoré nebolo príliš finančne úspešné.

V septembri roku 1790 uviedol Mozart operu Così fan tutte vo Frankfurte nad Mohanom a podnikol ďalšie koncertné turné. Takisto zložil niekoľko symfónií, menších komorných diel a Singspiel Čarovná flauta (Die Zauberflöte), ktorý bol uvedený v periférnom divadle „Na Viedenke“ krátko pred Mozartovou smrťou.

Na jeseň v roku 1791 sa Mozart nakazil infekčnou chorobou a 5. decembra zomrel. Jeho posledné dielo je Requiem d-mol.